كأس الكونفدرالية هي أحدث بطولات الاتحاد الأفريقي لكرة القدم وانطلقت عام 2004 وهي عبارة عن بطولة دمج خلالها الاتحاد الأفريقي "كاف" بطولتين كانتا تلعبان في السابق هما كأس الكؤوس الأفريقية وكأس الاتحاد الأفريقي.

وبالذهاب لكأس الكؤوس الأفريقية نجدها بطولة كانت تشارك فيها الأندية الفائزة بالكأس المحلية في بلادها وانطلقت عام 1976 وأول فريق فاز بلقبها هو شوتينغ ستارز النيجيري عام 1976 أما آخر الأندية تتوّيجاً باللقب فكان النجم الساحلي التونسي عام 2003، أما البطولة الأخرى وهي كأس الاتحاد الأفريقي فانطلقت عام 1999 وحقق النجم الساحلي لقب النسخة الأولى منها بالفوز على الوداد المغربي في الدور النهائي، وكان يشارك في البطولة الفريق صاحب المركز الثاني في الدوري، واستمرت البطولة تلعب بهذا الشكل حتى نسخة عام 2003 التي توّج الرجاء فيها باللقب، وبعد ذلك أدخل الكاف تعديلات جوهرية على نظام البطولة.

فرغبة من الاتحاد الأفريقي في تقوية بطولاته قام بدمج بطولتي أبطال الكؤوس وكأس الاتحاد في بطولة واحدة يشارك فيها الأندية أبطال الكؤوس في بلادها إضافة إلى الأندية الحاصلة على المركز الثالث في بطولات الدوري المحلية، ولذلك أطلق الاتحاد على بطولته اسم "الكونفدرالية" علماً بأنه يوجد خطأ شائع تقع فيه وسائل الإعلام حتى الآن إذ أنها تطلق لقب كأس الاتحاد الأفريقي على ذات البطولة وهو منافي لمسمى البطولة في الاتحاد الأفريقي إذ أن بطولة كأس الاتحاد لم يعد لها وجود الآن.

ونظام بطولة الكونفدرالية معقد إلى حد ما، حيث أنها تلعب بنظام الذهاب والعودة وخروج المغلوب في أدوارها الأولى حتى دور الستة عشر الأول الذي يتأهل منه ثمان فرق ينضم إليهم ثمانية فرق أخرى خرجت من الدور ثمن النهائي في بطولة دوري أبطال أفريقيا وتلعب هذه الفرق مع بعضها البعض بنظام الذهاب والعودة وخروج المغلوب فيما يعرف باسم دور الستة عشر الثاني.

ويتأهل من دور الـ16 الثاني ثماني فرق تصعد إلى ربع النهائي الذي يسمى بدور المجموعات حيث يتم تقسيم الفرق وفقاً لقرعة مفتوحة على مجموعتين تضم كل مجموعة أربعة فرق تلعب مع بعضها دوري من دورين يصعد الأول والثاني منه إلى نصف النهائي  الذي يقام بنظام الذهاب والعودة ويتأهل منه فريقان يخوضان الدور النهائي الذي يقام هو الآخر بنظام الذهاب والعودة.

ويحصل الفائز في بطولة الكونفدرالية على 625 ألف دولار بالإضافة إلى 35 ألف دولار تذهب إلى الاتحاد المحلي بينما يحصل صاحب المركز الثاني على 432 ألف دولار إضافة إلى 30 ألف دولار تذهب للاتحاد المحلي.

ومنذ انطلاق البطولة بحلتها الجديدة عام 2004 وهي تقام بانتظام وفي نهائي النسخة الأولى التقى فريقا هارتس أوف أوك وأشانتي كوتوكو الغانيان واقتنص هارتس أوف أوك لقب النسخة الأولى بعد فوزه بركلات الترجيح (8-7) عقب تعادل الفريقين في مجموع لقائي الذهاب والعودة (2-2).

وتمكن الجيش الملكي المغربي من إحراز لقب النسخة الخامسة ثم حدث تسيد كامل للأندية العربية عقب ذلك حيث استحوذت على كل ألقاب البطولة ففاز الجيش الملكي المغربي بلقب عام 2005 والنجم الساحلي التونسي بلقب عام 2006 والصفاقسي التونسي بنسختي 2007 و2008، وتمكن فريق إستاد مالي من كسر الاحتكار العربي للقب البطولة بعد أن فاز بكأسها عام 2009 بالتغلب على وفاق سطيف بركلات الترجيح (3-2) وذلك بعد تعادل الفريقين في مجموع لقائي الذهاب والعودة (2-2) ثم ما لبست الفرق العربية أن عادت سريعاً إلى منصات التتويج عن طريق الفتح الرباطي المغربي الذي فاز بنسخة 2010 عقب تغلبه خارج ملعبه على الصفاقسي في لقاء العودة (3-2) عقب تعادل الفريقين في لقاء الذهاب في المغرب بدون أهداف.